标书写作没有思路?感受一下这些文章带来的科学假说

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2018-11-13 10:35:52
最近拿到了一些未中标的国自然标书,发现很多临床医生在标书写作的时候常常苦于科学问题转化的构架,就像之前说的:科研需要3合1人才。太难?那么今天我们通过一些文章来看看别人是怎么样展示一个完美的科学假说的,掌握了这个思路,标书的写作会变得无比轻松哦。
今天我们选择的角度是lncRNA、metastasis,疾病方向以肿瘤为主。

Mol Cell. 2016 Dec 1;64(5):967-981. doi: 10.1016/j.molcel.2016.10.039.
LncPRESS1 Is a p53-Regulated LncRNA that Safeguards Pluripotency by Disrupting SIRT6-Mediated De-acetylation of Histone H3K56.

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从文章的题目来看:p53负调控的lncRNA-PRESS1通过干扰由SIRT6介导抑制的H3K56去乙酰化作用从而保护胚胎干细胞多能性。是不是满眼都是热点:lncRNA、组蛋白去乙酰化、干细胞多能性。

以下内容是从基金设计方向出发,跟原文思路及内容不太一样:

在我们设计的方案中,可以先忽略p53(原文不是这样的,我们只是暂时不考虑),筛选到了一个lncRNA-PRESS,在功能实验中发现其是有助于维持胚胎干细胞多能的,在胚胎干细胞中表达量很高,而当其表达量下降后干细胞就会放生分化,并且整体的平衡处于一种线性关系。接着通过RIP实验筛到一些蛋白,其中有SIRT6。接着聊SIRT6的功能,发现SIRT6可以结合到多能基因的启动子区,促进H3K56、H3K9的去乙酰化作用,从而降低干细胞多能基因的表达,以至于使得干细胞得以分化。那么就可以说得通了,PRESS1通过结合(本文中是直接结合,在这里也可以有一些内容设计)SIRT6,从而抑制SIRT6染色质定位,阻遏后者对干细胞多能基因的表达抑制作用,从而使得干细胞维持多能性。

扩展一下,从肿瘤干细胞中的思路去理解:p53表达水平降低后,PRESS1上调,SIRT6功能受到抑制,使得干细胞多能相关基因高表达,干细胞多能性得到维持,促进肿瘤的复发与转移。

如果改成基金标书,我们的题目可以是:lncRNA-PRESS1在人胚胎干细胞多能性维持中的作用及机制研究


Cancer Discov. 2016 Jul;6(7):784-801. doi: 10.1158/2159-8290.CD-15-0921. Epub 2016 May 4.
LncRNA GClnc1 Promotes Gastric Carcinogenesis and May Act as a Modular Scaffold of WDR5 and KAT2A Complexes to Specify the Histone Modification Pattern.
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文章选的真巧,同样是表观修饰相关的lncRNA研究。lncRNA GClnc1通过结合WDR5、KAT2A进行组蛋白修饰。另外,在下游,还提到了一个靶基因SOD2.

那么我们可以理一下:lncRNA--WDR5/KAT2A--组蛋白修饰--SOD2

换成基金机制设计的思路:找到了一个lncRNA,全新的分子GClnc1,它能促进胃癌细胞的增殖、转移,这是细胞功能。接着同样使用RIP,发现GClnc1能拉到2个蛋白(同样,我们可以在这里做一些设计。原文里面这部分内容是WDR5与KAT2A直接结合):WDR5、KAT2A,这两个分子都是表观修饰蛋白的部件。随后找到下游的靶分子SOD2,且验证GClnc1与SOD2表达一致性,均与胃癌的发生、转移相关。

如果是一份标书,我们可以这样:组蛋白修饰调控新lncRNA GClnc1促进胃癌发生的功能和机制研究。

在此题目中,已经透露出了很多成果,建议该部分内容完成了七七八八之后再考虑这样的题目。


Cancer Cell. 2015 Mar 9;27(3):370-81. doi: 10.1016/j.ccell.2015.02.004.
A cytoplasmic NF-κB interacting long noncoding RNA blocks IκB phosphorylation and suppresses breast cancer metastasis.
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这篇文献之前我们讨论过。lncRNA-NKILA与IkB结合,抑制IKK对IkB的磷酸化修饰,从而抑制NF-kB通路的活性(p-IkB丰度降低)程度。另外,NKILA受到NF-kB的上调作用,所以NKILA、磷酸化IkB、NF-kB活性之间存在一个平衡。

我们很多时候在标书机制设计部分会不自然的扯明星通路,这篇文章给了我们一个很明确的方案:NF-kB参与多种生物学进行,包括免疫、炎症反应、细胞凋亡、肿瘤进程,IkB是其通路的核心分子。那么我们可以这样,根据自己的研究先设想一条通路,比如NF-kB,选择其中的核心蛋白如IkB,往上游找如转录因子(TFs)或结合lncRNA,这里选择NKILA,那么设计到这里的结果是这样:NKILA--下调p-IkB--抑制NF-kB通路激活--抑制肿瘤发生。那么在肿瘤发生过程中,NKILA被下调了,除了自身平衡调控作用之外,继续往上游走,发现是由于miR103/107过表达了,结果是导致了NKILA的降解(miRNA促进lncRNA,当然了这里还可以做其他设计),最终导致肿瘤发生。

作为标书的题目:lncRNA NKILA通过NF-κB通路抑制乳腺癌转移的功能和机制研究


Nat Commun. 2016 Aug 24;7:12598. doi: 10.1038/ncomms12598.
LncSox4 promotes the self-renewal of liver tumour-initiating cells through Stat3-mediated Sox4 expression.
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该文章中,作者发现了一条lncRNASox4(与下文的Sox4无特别的关系,仅仅是定义lncSox4),通过STAT3介导的Sox4表达从而促进肿瘤起始细胞的自我更新功能。扯远一下,肿瘤起始细胞是能引发肿瘤生成的细胞,有干细胞特征:自我更新、分化、耐药、形成与源肿瘤相似的细胞。那么lncSox4是一条促癌基因。

那么我们换个思路,从基金科学假说角度出发:首先,通过RIP作用转录因子STAT3被lncSox4下来,并且发现它们之间能直接结合;同时对比正常细胞,发现干扰掉lncSox4后,Wnt/b-catenin(参与干细胞自我更新)中的Sox4低表达了,且细胞表型也发生了变化(lncRNA的功能)。那么反过来,lncSox4能促进Sox4的表达,两者的表达水平处于正相关系,同时促进肿瘤起始细胞(TICs)的自我更新。说到下游靶基因表达上升无非有几点(之前小张介绍过):转录激活/增强、翻译加快、削弱降解等。到此,我们可以分别设计好几个假说(起码这三个)。文章中发现,原来是Sox4/lncSox4复合体结合到Sox4的启动子区,对Sox4进行了转录激活,从而上调了Sox4的丰度,导致TICs的自我更新功能。

该成基金,题目可以这样:肝癌肿瘤起始细胞分化调控新通路:LncSox4-STAT3-Sox4

最后,对于lncRNA的研究,我们最重要的工具就是RIP,然后是看功能往上、往下继续找分子,以丰富整个标书中科学假说的深度。
一般是A分子-B分子-C通路-D分子-E疾病这样的形式,然后按照不同基金进行适当删减。

祝:写作轻松一点,标书胜人一筹。

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